Иногда уменьшение размера флэшки может быть из-за
банального вирусного заражения.Особенно при использовании несанкционированного ПО.

Попробуй прогнать мощной
антивирусной прогой,хотя вряд-ли
Это поможет.Как правило "слетают" загрузочные файлы и восстановить их врядли получится.
Теперь про Low Level Format Tool :
Если прога не видит флэшку,то поможет только перевод в
тестовый режим с последующей прошивкой .